Trzy główne strefy klimatyczne Tajwanu i zróżnicowana topografia zapewnia egzystencję wielu przedstawicielom flory i fauny. Na Tajwanie żyje około siedemdziesięciu gatunków ssaków, pięćset gatunków ptaków (spośród których 40 procent to ptaki stale zamieszkujące wyspę), sto gatunków gadów, trzydzieści cztery gatunki płazów, dwa i pół tysiąca gatunków ryb oraz osiemnaście tysięcy zidentyfikowanych gatunków owadów (w tym czterysta gatunków motyli). Wyspa słynie również z bogactwa i różnorodności życia roślinnego. Jak dotąd sklasyfikowano tu ponad cztery tysiące gatunków flory.
Specyficzna topografia Tajwanu doprowadziła do stworzenia w środowisku naturalnym wielu ekologicznych "wysepek". Rząd Republiki Chińskiej zadecydował, że niemal 19.5 procent terytorium kraju objętych zostało wielopoziomowym systemem ochrony przyrody, na który składa się sześć parków narodowych, dziewiętnaście rezerwatów przyrody, dziewięć rezerwatów leśnych, szesnaście ostoi dzikiej zwierzyny, oraz trzydzieści głównych siedlisk dzikiej zwierzyny.

Narodowe Parki:
Kenting - http://www.ktnp.gov.tw
Yushan - http://www.ysnp.gov.tw
Yangmingshan - http://www.ymsnp.gov.tw
Taroko - http://www.taroko.gov.tw
Shei-pa - http://www.spnp.gov.tw
Kinmen - http://www.kmnp.gov.tw